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Mapix

Simple, convivial et performant

Logiciel d’acquisition et d’analyse d’image de microarrays

Mapix logo

Mapix est un logiciel d’acquisition et d’analyse d’image de biopuces simple, convivial et performant.

Mapix possède toutes les fonctionnalités nécessaires pour traiter les données obtenues rapidement avec un haut niveau répétabilité et une productivité optimale.

Mapix est compatible avec les systèmes d’opération 32 et 64 bit (Windows, Linux et prochainement MacOS).

mapix acquisition

Mapix est le logiciel qui permet de contrôler tous les scanners fabriqués par Innopsys. Toutes les configurations (paramètres de lecture et d’analyse) peuvent-être sauvegardées, afin de permettre à l’utilisateur de définir des protocoles spécifiques à chacune de leurs applications.

  • Lecture du code barre de la lame et intégration de ce dernier dans le fichier Tiff de l’image assurant ainsi une traçabilité de toutes les données.
  • Le mode automatique d’ajustement des paramètres de lecture permet d’optimiser et faciliter l’utilisation de Mapix et simplifie vos protocoles.
  • Les images peuvent être sauvegardées au format Tiff 16 bit et 20 bit en incluant tous les paramètres de lecture (taille du pixel, puissance laser, etc…) et peuvent être exportées au format JPEG et PNG.
  • Le mode d’acquisition d’image avec la Plage Dynamique Etendue (XDR) permet d’intégrer en une seule lecture tous les signaux hétérogènes présents sur la même lame (seuil de saturation étendu de 104 à 106).

Compte tenu de la taille des images obtenues, qui peut être de 5,74 GB pour une lame pleine à 1µm/pixel, le logiciel MAPIX a été spécialement développé pour prendre en charge les images de taille importante.

mapix gridding

Grâce à un algorithme efficace et adaptable, Mapix cherche automatiquement chaque spot individuellement et aligne la grille de façon optimale, le tout à une vitesse inégalée sur le marché.

Une segmentation automatique des spots est effectuée afin de sélectionner les pixels d’intérêt tout en éliminant les autres, afin de fournir des données expérimentales de haute qualité.

Mapix est compatible et intègre dans l’analyse d’image tous les fichiers GAL (GenePix Array List) des lames spotées et commerciales disponibles sur le marché. La fonction de création de grille également proposée rend le logiciel Mapix compatible avec tous les formats de biopuces.

mapix quantification

Les performances du gridding et les calculs de quantification s’ajustent et s’adaptent aux différentes résolutions des scanners de la gamme InnoScan®, quelles soient de 3µm/pixel, de 1µm/pixel ou de 0,5µm/pixel, tout comme la taille des images et le volume de données générées.

Mapix a été conçu afin d’offrir un affichage optimal et une lecture rapide au travers de commandes interactives.

Mapix sauvegarde les résultats sous la forme d’un fichier text (TXT) et GPR. Le gridding automatique permet à l’utilisateur de personnaliser le marquage des spots selon ses critères afin d’en garantir le contrôle qualité.

Mapix autorise les images TIFF 16 bit et 20 bit venant de différents scanners afin d'être analysées.

La normalisation des données est effectuée par la méthode Lowess Smooth et d’autres méthodes adaptées aux puces double couleur.

automation

Le mode BATCH permet d’automatiser l’acquisition et l’analyse d’image et augmente ainsi la productivité, c’est-à-dire le nombre de lames pouvant être prises en charge par jour. En utilisant cette fonctionnalité, l’utilisateur peut créer ses propres BATCH et ainsi automatiser à façon la lecture de ses lames.

Toutes ces étapes peuvent être réalisées en un clic :

  • Lecture de la lame
  • Gridding
  • Quantification
  • Exportation des données en .txt ou .gpr

L’association du mode BATCH avec les modèles de scanners équipés d’un système Autoloader (capacité de chargement de 24 lames) permet d’optimiser le rendement et d’optimiser les applications à haut-débit.

mapix plugin

Mapix est un logiciel ouvert, qui s’adapte aux besoins de l’utilisateur.

La gestion de Plug-in consiste en l’intégration de données spécifiques à une application dans le logiciel Mapix. Un exemple de Plug-in et son code source Java peuvent également être fournis aux développeurs, désireux de réaliser eux-mêmes leur Plug-in.

Les Plug-in Mapix peuvent accéder aux données de l’image, à la quantification et aux informations à partir des spots de la grille.

L’exécution des Plug-in peut être intégrée d’un processus de Batch et ainsi être totalement automatisée avec l’ensemble du processus.

Télécharger des Plug-ins

Les mises à jour du logiciel sont en permanence disponibles en ligne, afin de pouvoir fournir un accès rapide et simple aux utilisateurs.

Les mises à jour sont incluses gratuitement la première année.

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